Во второй части «Размышлений о всемирной истории» Якоб Буркхардт обращается к фундаментальному анализу Средних веков, раннего христианства, ислама и эпохи формирования европейских наций. Автор начинает с критики устоявшихся предрассудков об «упадочном» характере средневекового тысячелетия, доказывая, что именно в этот период заложились глубинные основы современной европейской культуры и духовности. Значительное внимание в тексте уделяется зарождению и экспансии христианства, феномену мученичества, а также возникновению монашества и аскезы как прямого следствия средневекового мировосприятия. Буркхардт подробно исследует религиозно-политическую природу ислама, сопоставляя его с христианской традицией и подчеркивая роль деспотических государств Востока.
Автор анализирует крах Западной Римской империи и последовавшее за ним Великое переселение народов, приведшее к формированию новых государственных образований под руководством таких правителей, как Хлодвиг и Карл Великий. Отдельные главы труда посвящены феномену папства, крестовым походам как высшему проявлению общеевропейского духовного порыва, а также норманнским завоеваниям и судьбам Византии. Буркхардт рассматривает внутренние противоречия и кризисы средневекового общества, включая иконоборческие споры в Византии и борьбу за инвеституру. Историк последовательно отказывается от упрощенных схем прогресса или деградации, предлагая читателю рассматривать историю как живое взаимодействие могущественных культурных сил.
В заключительных разделах автор переходит к анализу переходного периода от Средневековья к Новой истории, охватывая события XV и XVI веков. Он рассматривает английские войны Роз, политику Людовика XI во Франции, подъем османов и итальянский Ренессанс. Особое место занимает детальный разбор Реформации, деятельности Лютера и Кальвина, а также последовавшей за ними Контрреформации и Тридентского собора. Буркхардт завершает исследование глубоким размышлением о природе власти, религиозных войнах и формировании новой государственной системы Европы.