Книга «400 лет обмана» является важным этапом в развитии научного направления «Новая хронология». Анатолий Фоменко ставит под сомнение фундаментальные основы современной исторической науки, утверждая, что общепринятая хронология древности и Средневековья, созданная в XVI–XVII веках Иосифом Скалигером и Дионисием Петавиусом, содержит серьезные ошибки и искусственно растянута во времени.
Автор подробно разбирает историю формирования скалигеровской версии, указывая на отсутствие надежных обоснований для многих дат. Фоменко анализирует методы датирования, используемые историками, и подвергает критике радиоуглеродный метод, утверждая, что он часто преподносится как независимое доказательство, хотя на деле зависит от уже сложившихся хронологических представлений.
Значительная часть книги посвящена результатам, полученным с помощью астрономических методов. Автор пересматривает датировки «античных» затмений, утверждая, что при независимом анализе они смещаются значительно ближе к нашему времени. Также рассматриваются вопросы астрономической символики в Библии и датировки египетских зодиаков.
Фоменко опирается на работы своих предшественников, таких как Исаак Ньютон и Николай Морозов, которые также выражали недоверие к традиционной хронологии. Однако автор подчеркивает, что именно методика «Новой хронологии» позволила создать общую схему передатировок, исправляющую ошибки скалигеровской версии.
Книга затрагивает проблему достоверности римской хронологии, которую автор называет «позвоночным столбом» всей современной исторической картины. Фоменко приводит примеры того, как многие события, считающиеся античными, на самом деле могут быть отголосками средневековых реалий, а «древние» рукописи часто обнаруживались лишь в эпоху Возрождения.
В финале автор подводит читателя к мысли о необходимости радикального пересмотра всей истории древнего мира и Средневековья, предлагая взглянуть на прошлое через призму математического анализа и естественно-научных методов, что, по его мнению, позволит очистить историю от многовековых наслоений и мифов.