Бердяев начинает с пояснения заглавия: его философия свободы — не рассуждение о свободе как отвлечённом предмете, а мысль, которая сама исходит из свободного религиозного опыта. Истина, по его убеждению, не выводится из нейтральных посылок: она открывается человеку, уже укоренённому в вере. Отсюда основное противопоставление книги — мистического пути, обращённого к свободе и божественной жизни, и магического, остающегося во власти необходимости.
В первой части Бердяев связывает кризис современной философии с её отрывом от живого бытия. Он критикует традицию, которая, начиная с Канта, сосредоточилась на границах познания и оставила человека замкнутым в собственном сознании. Рассудок может исследовать явления и формулировать законы, но, по мысли автора, сам по себе не возвращает познающего к реальности. Философии необходима «пища» религиозного опыта — не подчинение богословским правилам, а участие в целостной духовной жизни.
Эту мысль Бердяев развивает в споре о вере и знании. Знание касается того, что дано принудительно и доступно проверке; вера относится к невидимому и требует свободного выбора. Автор отвергает как попытку заменить веру научным знанием, так и отказ от науки ради веры. Наука может достоверно описывать природные закономерности, но, по его мнению, не вправе заключать, что за пределами природного порядка ничего нет. Вера не отменяет научных истин, а открывает более широкий смысл бытия.
Особое место занимает рассуждение о свободе и чуде. Бердяев приводит воскресение Христа как пример события, которое для верующего не сводится к доказательству: факт распятия принудителен, а воскресение открывается через свободную веру и любовь. Чудо, в его трактовке, не нарушает закон природы, а означает действие сил, которые этот закон не описывает. Так автор связывает веру с риском: если невидимое стало бы принудительно доказанным, свободный выбор утратил бы смысл.
Далее Бердяев переносит разговор из теории познания к происхождению зла. Он спорит с представлением о человеке как невиновной жертве внешней природы и объясняет страдание свободным отпадением творения от Бога. Это не означает, что зло для него самостоятельная сила, равная Богу: оно связано с «небытием», с подменой подлинной жизни призрачной. В результате свобода, которой человек злоупотребил, обернулась зависимостью от природной необходимости, распадом и смертью.
История в таком прочтении становится не прямым движением к земному благополучию, а драмой возвращения к утраченному единству. Бердяев отвергает идею прогресса, который оправдывал бы жертвы отдельных поколений будущим счастьем: смысл истории должен включать судьбу каждой личности. Дохристианские религии, философия и культура, по его схеме, готовили человечество к явлению Христа. Христос — центр этой истории, потому что в Нём Бог соединяется с человеком и открывается путь искупления.
Новый Завет автор понимает как переход от закона и кровавой жертвы к свободной любви. Христос не принуждает людей явленной силой: Его унижение и распятие оставляют человеку возможность самому узнать в Нём Бога. Бердяев завершает эту линию надеждой на всеобщее преображение и воскресение, которое должно разрешить трагедию истории и вернуть творению свободу. Его рассуждение остаётся религиозным исповеданием, а не нейтральным доказательством: именно такой способ мыслить и составляет заявленную в начале философию свободных.