Во втором томе «Философии бессознательного» Эдуард фон Гартман пытается объяснить, как сознательная жизнь связана с телом и что стоит за природными процессами. Он признаёт важный тезис материализма: сознательная духовная деятельность зависит от мозга и состояния нервной системы. Повреждение мозга меняет память, рассудок и восприятие; без его работы сознание, по мысли автора, невозможно. Но из этого Гартман не заключает, что мозг объясняет всё.
Он различает сознательную деятельность и бессознательную, которой приписывает первичную роль в жизни организма. Отдельную главу автор посвящает происхождению сознания. Он различает сознание и самосознание: можно воспринимать предмет, не размышляя о собственном «я». Сознание, согласно его гипотезе, возникает, когда вызванное материальным движением представление встречает сопротивление воли.
Воля не желает этого представления, но вынуждена с ним считаться; такое противостояние и становится переживанием. Отсюда Гартман выводит, что боль особенно настойчиво входит в сознание, тогда как постоянно удовлетворённое желание может остаться почти незамеченным. Это философское объяснение автор подкрепляет наблюдениями и примерами, но не выдаёт его за обычное описание работы мозга. Далее он переносит идею бессознательной психической деятельности на растения.
Рост, восстановление повреждений, движения мимозы и мухоловки, а также способы опыления Гартман рассматривает как признаки целесообразной работы, не требующей сознательного плана. Он предполагает у растений ощущения, хотя и с бедным содержанием. Резкую границу между растительным и животным царствами автор считает условной: у низших организмов их свойства, по его мнению, сближаются. В главе о материи Гартман разбирает понятия вещества и силы.
Естествознание, утверждает он, объясняет явления через взаимодействие сил, а вещество остаётся названием для их системы. Затем автор делает метафизический шаг: сила стремится к определённому результату и меняет действие по закономерности, поэтому в ней должно присутствовать представление о цели. Так он сводит материю к воле и представлению и объявляет их проявлениями единого Бессознательного. Эта концепция позволяет ему по-новому говорить об индивидуальности.
Организм может включать множество индивидуумов низшего порядка — клеток и органов, — а понятие отдельного существа зависит от связей между его частями. Сознательное единство, считает Гартман, связано с возможностью передавать и сравнивать нервные сигналы. Само Бессознательное он, напротив, полагает единым для всех живых существ и природных процессов. Из этого взгляда автор выводит рассуждения о рождении и развитии жизни.
Душа ребёнка, по его версии, не создаётся отдельно и не передаётся как часть родительской души: она возникает вместе с развитием организма как проявление общего Бессознательного. Высшие формы жизни Гартман объясняет постепенным изменением прежних форм и наследованием, но считает борьбу за существование недостаточным объяснением направленного усложнения. Он предлагает дополнить её целесообразной деятельностью Бессознательного. В дальнейшем том обсуждает страдание, счастье и цель мирового процесса; доступный фрагмент обрывается в начале главы о развитии видов, поэтому детали последующих рассуждений здесь не раскрываются.